Členové a příznivci MOS se zapojují do různých regionálních ornitologických projektů. Zapojit se můžete však i do programů celostátních. V případě zájmu o jakoukoli spolupráci na kterémkoli z nich Vám rádi zašleme kontakt na příslušného koordinátora.
Přehled hlavních výzkumných a monitorovacích programů, do kterých je možné se v současnosti zapojit najdete zde (více pod jednotlivými odkazy).
Jednotný program sčítání ptáků (JPSP) – podílí se několik členů MOS. JPSP patří mezi základní výzkumné programy ČSO. J. Chytil se účastní JPSP pravidelně od jeho začátku v roce 1982, patří mezi vůbec nejdéle sčítající účastníky programu.
Liniové sčítání druhů (LSD) – nový dlouhodobý monitorovací program ČSO. Výsledky umožní odhad trendů běžnějších druhů ptáků na jemnější škále, např. na úrovni biotopů.
Mezinárodní zimní sčítání vodních ptáků – účastní se mnoho členů MOS. Ti sčítají i lokality patřící mezi nejvýznamnější zimoviště vodních ptáků v Česku (VDNM).
Monitoring ptáků v ptačích oblastech – členové MOS se aktivně účastní monitoringu především v PO Beskydy, Horní Vsacko, Hostýnské vrchy, Libavá, Litovelské Pomoraví a Jeseníky.
Mapování hnízdišť rorýsů – řada členů je na tomto poli velmi aktivních, stejně jako ve správních řízeních týkajících se zateplování budov.
Sledování příletu a odletu tažných druhů ptáků – všechna data ukládána do databáze Avif. Někteří členové (J. Šafránek) MOS patří mezi vůbec největší přispěvatele do této databáze.
Pracovní skupiny ČSO – několik členů je aktivně zapojených do pracovních skupin ČSO. Na ornitologické stanici v Přerově již tradičně probíhá každoroční setkání Skupiny pro výzkum a ochranu dravců a sov; jejím členem je i J. Chytil, který se na organizaci této akce podílí. Členy této jedné z nejstarších pracovních skupin ČSO je min. 6 členů MOS.
Kroužkovací akce Acrocephalus v CHKO Poodří – akci organizuje Slezská ornitologická společnost, Členové MOS se z velké části podílí na jejím průběhu. Jedná se o jednu z nejdéle běžících monitorovacích akcí u nás, využívající kroužkování jako vědeckou metodu.
Monitoring úspěšnosti hnízdění rybáků na umělých ostrovech – od počátku akce organizované společností Českomoravský beton, a.s., se o monitoring starají členové MOS. Souhrnný článek o výsledcích viz Zprávy MOS 2017/2018.
Odchytová akce na Červenohorském sedle – podzimní migrace živočichů přes horské bariéry skýtá unikátní podmínky pro sběr netriviálních údajů o migračním chování živočichů. V České republice je na tento typ výzkumu soustředěn projekt probíhající od roku 2010 na Červenohorském sedle v Jeseníkách, který je svým rozsahem zároveň největší v současnosti probíhající akcí zaměřenou na odchyty a kroužkování ptáků na našem území.
Zimní sčítání kání – Zimní sčítání kání (Akce Buteo) je dlouhodobá monitorovací akce, jejímž cílem je stanovit početnost zimních populací káně lesní a káně rousné.
CES V Záhlinicích – Členové MOS již od roku 2005 zajišťují projekt CES na lokalitě Filena u Záhlinic (lužní les jižně od rybníka Svárov). Jedná se o projekt sledující úspěšnost hnízdění u vybraných druhů. Je také jednou z 15 lokalit v Česku, kde tento projekt běží více než 10 let.


